解決策
LabVIEW 2024Q3から、プロジェクトファイルに対して常に特定のバージョン用に保存することが可能になりました。
これにより、毎回旧バージョン用に保存を選択しなくても、自動的に指定したバージョンで開けるような形で保存することができます。
この設定は、対象のプロジェクトファイルに含まれているVIなどに適用されます。
設定を行うためには、プロジェクトファイルのプロパティを選択します。

次に表示されるウィンドウでプロジェクトカテゴリの下部にある保存バージョンを指定します。
また、コンパイルコードをソースファイルから分けるにチェックを入れる必要があります。
