解決策
Migration toolを使用する際に下記のフラグを使用する事で、ファイルサーバ上のファイルをコピーするか、しないかを選択できます。
ファイル自体をコピーしたくない場合は下記のフラグを使用します。
--files --files-metadata-only
ファイルもコピーする場合は下記のフラグを使用します。
--files-change-file-store-root [NEW_ROOT]
Migration toolで移行可能なその他の部分についてもフラグで指定可能なオプションが存在し、
こちらの資料 で確認できます。