解決策
SystemLinkにWeb Applicationを登録すると下記のフォルダにWeb Applicationのコンポーネントを含んだフォルダが作成されます（デフォルトではwabvi_plugin）。
C:\Program Files\National Instruments\Shared\Web Server\htdocs\plugins
この事例ではwabvi_pluginとwabvi_plugin3の2つのWeb Applicationを登録した状態について、個別にアクセス権を設定します。
設定ファイルの変更
下記のフォルダの52_webvi_plugin.confの書き換えを行います。webvi_pluginとwebvi_plugin3に対してそれぞれ<Directory> タグを作成します。
C:\Program Files\National Instruments\Shared\Web Server\conf\conf.d
<Directory htdocs/plugins/webvi_plugin3>
# Tell the privilege module to use webvi_plugin3.htpriv
Use NIAuthnEnableBrowsers
Use NIAuthnRequirePrivilege webvi_plugin3 ViewResource
</Directory>
<Directory htdocs/plugins/webvi_plugin>
# Tell the privilege module to use webvi_plugin.htpriv
Use NIAuthnEnableBrowsers
Use NIAuthnRequirePrivilege webvi_plugin ViewResource
</Directory>
アクセス権の設定
下記のフォルダにてそれぞれのWeb Applicationに対して*.htprivを作成し、アクセス権を与える役割を指定します。ここではwabvi_pluginに対してはログイン不要でアクセス可能となっており、wabvi_plugin3についてはadmin権限のあるアカウントでログインした場合のみ閲覧・使用可能となります。
C:\Program Files\National Instruments\Shared\Web Server\conf\htpriv.d