解決策
このエラーが不定期に発生する場合、TDMサービスを開始する前に何らかの理由によりMongo Databaseの開始に時間がかかり、TDMサービスの起動までにMongo Databaseの起動が完了していないものと思われます。その場合、TDMサービスの起動の条件としてMongo Databaseが起動している事を下記の手順で追加することができます。
下記のフォルダにはすべてのサービスに対する設定ファイルが存在します。
C:\ProgramData\National Instruments\Skyline\Install\Services\Descriptors
TDM_NodeAgentServic.jsonをメモ帳などのテキストエディタで開き、dependsOnの部分に下記の赤枠の部分を追加し、NI SystemLink Server ConfigurationのNI SystemLink Service ManagerのRestartを行います。