解決策
LabVIEW実行ファイル用のインストーラを作成する際に、コンパイル済みプログラムを実行するのに必要なLabVIEWランタイムエンジンを含めるオプションがあります。
インストーラはLabVIEWランタイムエンジンをインストールしますが、Windowsのコントロールパネルでプログラムの追加と削除内に別のエントリを作成することはありません。LabVIEWランタイムエンジンをアンインストールする必要がある場合は、アプリケーション名がプログラムの追加と削除の一覧に表示されているはずなので、ビルドしたアプリケーション全体をアンインストールすることでアンインストールできます。
メモ: LabVIEWランタイムエンジンは、それをインストールしたすべてのプログラムを把握しています。そのため、複数のインストーラを実行した場合は、LabVIEWランタイムエンジンをコンピュータから完全に削除するためにそれらをすべてアンインストールする必要があります。